建設(shè)單位檔案管理部門在缺失工程檔案管理辦法的情況系下，依靠文書檔案的管理方法很難對工程檔案進行有效的分類與歸檔。工程最終形成的檔案雜亂無章，比如，同一案卷內(nèi)有圖紙、有資料、有建設(shè)單位自身的工程來往批復(fù)文件、有系統(tǒng)后期的試運行及驗收資料。整體表現(xiàn)為先后混亂、分類混亂、輕重混亂。完整性、準確性、規(guī)范性無從考證，單從檔案的查詢與調(diào)閱而言，就更是難上加難。 

建設(shè)單位檔案管理規(guī)定于項目管理的落實重視程度不一，導(dǎo)致檔案管理質(zhì)量低下 信息化項目自身的技術(shù)、經(jīng)濟、管理特點決定了管理規(guī)模及組織的復(fù)雜性，項目管理面向的對象包含信息系統(tǒng)工程使用的用戶、參與項目建設(shè)的單位等等，各自有自身工作重點與范圍且存在工作界面銜接，表現(xiàn)為參與者眾多且存在流動性，工作開展過程的界面交互頻繁與溝通協(xié)調(diào)工作較多。面對眾多的參建單位，在檔案管理標(biāo)準與規(guī)定不明確的前提下，工程文檔產(chǎn)生的形式混亂，檔案的真?zhèn)闻c價值大小那一區(qū)別，同時也不能較為明確的體現(xiàn)出不同工作范圍的內(nèi)部關(guān)聯(lián)；而在有統(tǒng)一標(biāo)準的基礎(chǔ)上，缺乏必要的檔案管理培訓(xùn)等措施，也會導(dǎo)致參建單位對標(biāo)準的理解與執(zhí)行程度不一的情況，造成文檔的完整性、準確性、規(guī)范性參差不齊，無法形成高質(zhì)量的檔案。建立必要的檔案管理監(jiān)督檢查機制，并明確必要的檔案管理人員，是重大信息系統(tǒng)工程檔案專項建設(shè)的必要手段。 

建設(shè)單位聲像、電子文檔等歸檔管理混亂，入檔率低 伴隨著辦公自動化程度的提高以及工程管理信息化手段的多樣，影像、錄音、圖片、電子文檔等記錄方式在檔案中的比重越來越大。工程記錄的載體及記錄形成的過程多存在于電腦硬盤，且以上載體幾乎記錄了工程建設(shè)的所有活動。雖然相關(guān)規(guī)定對電子類文檔提出了具體的要求，但是具體要求在實際建設(shè)中的落實程度相較于紙質(zhì)文檔，情況更差，在工程管理中，多見于此類文檔集中刻盤整體存放，多數(shù)的電子文檔仍留存與個人手中或者電腦內(nèi)，時間長了很可能會導(dǎo)致資料的遺失。